Tweet Trumpa „COVfefe” - Czy wiedzieliście o pandemii Covid-19?
Wysłane przez Hsaive
COV to standardowe słowo oznaczające koronawirusa. FeFe to hydrogenaza, w biochemii jest to enzym używany w procesie katalitycznym z udziałem cząsteczek wodoru. Zasadniczo FeFe był używany w procesach tworzenia nici baktrium, RNA lub wirusów.
NCBI (2015): „Engineering Artificial Machines from Designable DNA Materials for Biomedical Applications”
W przeciwieństwie do większości procesów budowania struktury DNA, struktury RNA zostały zbudowane w pełnym procesie izotermicznym w 37 ° C. Co ciekawe, dzięki uwięzi [ FeFe] -hydrogenazie i ferredoksynie katalizuje w sąsiedniej pozycji poprzez specyficzną interakcję RNA aptamer-białko na strukturze RNA , wydajność produkcji wodoru in vivo uległa znacznej poprawie w porównaniu z enzymami wolnymi od komórek.
Https: //www.ncbi .nlm.nih.gov / pmc / Articles / PMC4442581 /
______________________________________________
Związane z:
(WIKI) Hydrogenaza.
Do 2004 r. Uważano, że hydrogenazy zawierającej wyłącznie [Fe] -potwierdzono, że jest „wolna od metali”. Następnie Thauer i wsp. wykazali, że hydrogenazy wolne od metali w rzeczywistości zawierają atom żelaza w swoim miejscu aktywnym. W rezultacie te enzymy poprzednio klasyfikowane jako „wolne od metali” są obecnie nazywane tylko hydrogenazami [Fe]. Białko to zawiera tylko jednojądrzaste miejsce aktywne Fe i nie zawiera klastrów żelazo-siarka, w przeciwieństwie do hydrogenaz [FeFe] . Hydrogenazy [NiFe] i [FeFe] mają pewne wspólne cechy w swoich strukturach: każdy enzym ma miejsce aktywne i kilka skupisk Fe-S, które są zakopane w białku . Miejsce aktywne, które uważa się za miejsce, w którym zachodzi kataliza, jest również gromadą metaliczną , a każdyżelazo jest koordynowane przez ligandy tlenku węgla (CO) i cyjanku (CN−) . [3]
https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogenase
_____________________________________________
Wgląd w strukturę, mechanizm i dojrzewanie [FeFe] -hydrogenazy
Hydrogenazy to metaloenzymy odgrywające kluczową rolę w metabolizmie energii w różnych społecznościach drobnoustrojów. Podzielone na trzy klasy ze względu na zawartość metali, [Fe] -, [FeFe] - i [NiFe] -hydrogenazy nie są ze sobą powiązane ewolucyjnie, ale mają podobne zespoły ligandów niebiałkowych w centrach metali w centrach aktywnych, których nie obserwuje się nigdzie indziej w biologii. Te niebiałkowe ligandy odgrywają kluczową rolę w dostrajaniu reaktywności enzymów, a ich synteza i włączenie do skupisk miejsc aktywnych wymaga wielu specyficznych enzymów dojrzewających. Bogactwo informacji strukturalnych o różnych klasach i różnych stanach enzymów hydrogenaz, półproduktów biosyntezy, a enzymy dojrzewające znacząco przyczyniły się do zrozumienia biochemii metabolizmu wodoru. Przegląd ten podkreśla wyjątkowe cechy strukturalne hydrogenaz i podkreśla niedawne prace biochemiczne i strukturalne, które stworzyły jaśniejszy obraz szlaku dojrzewania [FeFe] -hydrogenazy. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0969212611002152
___________________________________________
Opracowanie ekranu podziału in vitro dla ukierunkowanej ewolucji [FeFe] hydrogenazy o dużej przepustowości James A. Stapleton, James R. Swartz, opublikowano: 6 grudnia 2010 r.
Https://journals.plos.org/plosone/article?id= 10.1371 / journal.pone.0015275
_____________________________________________
Organizacja reakcji wewnątrzkomórkowych z racjonalnie zaprojektowanymi
złożeniami RNA Camille J. Delebecque1,2,3,4, Ariel B. Lindner3,4, *, Pamela A. Silver1,2, *, Faisal A. Aldaye1,2
Science 22 lipca 2011: Vol. 333, wydanie 6041, str.470-474 DOI: 10.1126 / science.1206938
https://science.sciencemag.org/content/333/6041/470.abstract
_____________________________________________
Z przodu. Microbiol., 11 kwietnia 2014 | https://doi.org/10.3389/fmicb.2014.00142
Porównanie profili transkrypcyjnych Clostridium thermocellum hodowanych na celobiozy i wstępnie traktowanej topoli żółtej przy użyciu RNA-Seq
Front. Microbiol., 11 kwietnia 2014 | https://doi.org/10.3389/fmicb.2014.00142
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2014.00142/full
_____________________________________________
Dojrzewanie cytozolowych i jądrowych białek żelazowo-siarkowych
DJA Netz, J Mascarenhas, O Stehling, AJ Pierik… - Trends in cell…, 2014 - Elsevier
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0962892413001967
_____________________________________________
STRUKTURA, FUNKCJONOWANIE I TWORZENIE BIOLOGICZNYCH ZBIORÓW ŻELAZA I SIARKI
Annual Review of Biochemistry - Vol. 74: 247-281 (data publikacji tomu 7 lipca 2005)
https://www.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev.biochem.74.082803.133518
_____________________________________________
Ostatnie postępy w radykalnej enzymologii SAM: nowe struktury i mechanizmy (2014)
Jiarui Wang, Rory P. Woldring, Gabriel D. Román-Meléndez, Alan M. McClain, Brian R. Alzua i E. Neil G. Marsh *
Niedawno wykazaliśmy, że puste otoczki α-karboksysomów (o średnicy około 100 nm) można zrekonstruować poprzez ekspresję pełnego zestawu białek otoczki i mogą rekrutować do powłoki dojrzałą wrażliwą na O2 [FeFe] -hydrogenazę i kofaktory, aby utworzyć nowatorski wytwarzający wodór jako nowatorski bioreaktor w skali nano, wykorzystujący wolne od O2 (lub pozbawione O2) mikrośrodowisko utworzone w powłoce α-karboksysomu (Li i in., 2020). Wymiary i kształt otoczki rekombinowanego α-karboksysomu są porównywalne z rozmiarami natywnych karboksysomów, co sugeruje lepsze obciążenie enzymem i bliższe natywnemu mikrośrodowisku w porównaniu z otoczkami o zmniejszonej wielkości.
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/cb5004674
_____________________________________________
Rozdział piąty - Badanie RNA z wykorzystaniem nanotechnologii DNA
Streszczenie: Transkrypcja to jeden z podstawowych etapów ekspresji genów, w którym polimerazy RNA (RNAP) wiążą się z genami matrycowymi i tworzą RNA. Oprócz RNAP i genu matrycowego zaangażowanych jest wiele cząsteczek, takich jak czynniki transkrypcyjne. Interakcja i wpływ tych czynników zależą od geometrii. Dlatego tak ważny jest układ molekularny tych czynników, RNAP i genu. Nanotechnologia DNA to obiecująca technologia, która umożliwia kontrolowanie układu molekularnego w zakresie od nanometrów do mikrometrów z rozdzielczością nanometrów; w związku z tym oczekuje się, że badanie RNA wykroczy poza obecny limit.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877117315002379
_____________________________________________
Charakterystyka metabolizmu wodoru w wielokomórkowej zielonej aldze Volvox carteri
„Genom Volvox carteri zawiera dwa geny kodujące przypuszczalne [FeFe] -hydrogenazy (HYDA1 i HYDA2), a transkrypty tych genów gromadzą się w warunkach beztlenowych”.
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0125324
_____________________________________________
Opracowanie ekranu podziału in vitro dla ukierunkowanej ewolucji [FeFe]
hydrogenazy o wysokiej przepustowości (2010)
Abstrakcyjny
Wstęp : Enzymy hydrogenazy [FeFe] katalizują tworzenie i dysocjację wodoru cząsteczkowego za pomocą złożonej grupy protetycznej złożonej ze wspólnych elementów. Rozwój technologii konwersji energii opartych na tych odnawialnych katalizatorach był utrudniony z powodu ich ekstremalnej wrażliwości na tlen. Próby ulepszenia enzymów poprzez ukierunkowaną ewolucję nie powiodły się z powodu braku platformy przesiewowej o przepustowości dostatecznie dużej, aby odpowiednio pobierać próbki silnie zmutowanych bibliotek DNA. Kompartmentalizacja in vitro (IVC) to potężna metoda umożliwiająca badanie przesiewowe pod kątem aktywności enzymatycznej o wielu obrotach przy bardzo wysokiej przepustowości. Ostatnie postępy pozwoliły [FeFe]hydrogenazy, które mają być wyrażane i aktywowane w reakcjach bezkomórkowej syntezy białek, na których opiera się IVC; jednakże IVC jest wymagającą techniką, z którą wiele enzymów okazało się niekompatybilnych.
Metodologia / główne ustalenia : W tym miejscu opisujemy niezwykle wysokoprzepustowe badanie przesiewowe IVC w celu wykrycia hydrogenaz tolerujących tlen [FeFe]. Pokazujemy, że [FeFe] hydrogenaza CpI może być wyrażana i aktywowana w kropelkach emulsji oraz identyfikujemy fluorogenny substrat, który łączy aktywność po ekspozycji na tlen z generowaniem sygnału fluorescencyjnego. Przedstawiamy protokół przesiewowy, w którym po przyłączeniu zmutowanych genów i kodowanych przez nie białek do powierzchni mikrokulek następują trzy oddzielne etapy emulsji w celu amplifikacji, ekspresji i oceny mutantów hydrogenaz. Pokazujemy, że kulki prezentujące aktywną hydrogenazę można izolować przez sortowanie komórek aktywowane fluorescencją i używamy tej metody do wzbogacania takich kulek z pozorowanej biblioteki.
Wnioski / znaczenie: Hydrogenazy [FeFe] są najbardziej złożonymi enzymami produkowanymi przez bezkomórkową syntezę białek i najtrudniejszymi celami, do których zastosowano IVC. Opisana tutaj technika jest krokiem w kierunku rozwoju biokatalizatorów dla biologicznej gospodarki wodorowej.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21151915/
Cały artykuł: (PDF)
https://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.292.4946&rep=rep1&type=pdf
_____________________________________________________________
Warunki / definicje
„Ferredoksyny” (od łacińskiego ferrum: żelazo + redoks, często w skrócie „fd”) to białka żelazowo-siarkowe, które pośredniczą w przenoszeniu elektronów w szeregu reakcji metabolicznych. Termin „ferredoksyna” został wymyślony przez DC Wharton z firmy DuPont Co. i zastosowany do „białka żelaza”, które zostało po raz pierwszy oczyszczone w 1962 roku przez Mortensona, Valentine'a i Carnahana z beztlenowej bakterii Clostridium pasteurianum . https://en.wikipedia.org/wiki/Ferredoxin
„Ligand” (Def) - W chemii koordynacyjnej ligand [a] to jon lub cząsteczka (grupa funkcyjna), która wiąże się z centralnym atomem metalu, tworząc kompleks koordynacyjny. - https://en.wikipedia.org/wiki/Ligand
Przetlumaczyla GR przez translator google
https://justpaste.it/8ukuj
zrodlo:http://stateofthenation.co/?p=66983
Brak komentarzy:
Prześlij komentarz